Сын скрипичного мастера, учился в иезуитской школе, уже в десятилетнем возрасте хорошо играл на органе, скрипке и других инструментах. С 1774 брал уроки у Дж. Б. Мартини в Болонье, затем у Ф. А. Валлотти в Падуе. Принял в Риме сан священника, вступил в Аркадскую академию – содружество писателей и музыкантов, основанное в 1690.
В 1775 обосновался в Маннгейме, был назначен священником и вторым капельмейстером при дворе баварского курфюрста Карла Теодора, открыл музыкальную школу. Изобрел новую систему постановки пальцев при игре на клавесине, новую форму органа – переносной орган оркестрион, развивал музыкальную теорию.
После переезда двора в Мюнхен последовал за курфюрстом в 1780, но, недовольный приемом его музыкально-драматических сочинений, вскоре оставил место. Переехал в Париж, пропагандировал свои теоретические взгляды, с успехом давал органные концерты в церкви Сен-Сюльпис, его опера была представлена в Версале. Много путешествовал (Испания, Греция, Армения, Азия, Африка, Гренландия), посетил Санкт-Петербург (1788), собирал музыкальный фольклор.
В 1786 был назначен придворным капельмейстером шведского короля Густава III, вновь открыл музыкальную школу, давал концерты на оркестрионе. В 1790 давал такие же концерты в Лондоне, в театре Пантеон, имел огромный успех. Впоследствии выступал в Роттердаме, Франкфурте, Стокгольме, Берлине, Вене, Мюнхене и др.
В 1807 получил место капельмейстера при дворе ландграфа великого герцогства Гессен Людвига I. В Дармштадте открыл свою третью, ставшую наиболее известной музыкальную школу, среди его многочисленных учеников были Вебер и Мейербер, боготворившие учителя.
Скончался от апоплексического удара.
Остался в истории музыки как блестящий исполнитель и замечательный педагог. Его собственная музыка (произведения для клавесина, фортепиано, скрипки, флейты, валторны, Реквием, музыка к шекспировскому Гамлету и др.) почти не исполняется, хотя фирма Чандос выпустила диск с его сочинениями (Chan 10504) в исполнении London Mozart Players под управлением Маттиаса Бамерта.
Теоретические подходы Фоглера развивали Готфрид Вебер и Симон Зехтер.
Образ композитора представлен в стихотворении Роберта Браунинга «Аббат Фоглер».
Крайне отрицательно о Фоглере отзывался В.А.Моцарт, называя его "жалким музыкальным паяцем, человеком, который слишком много о себе мнит и немногое может"(Письмо отцу 4 ноября 1777 г.). Гениальный композитор подверг резкой критике творчество, теоретические взгляды и личность аббата Фоглера. Русский критик А.Д.Улыбышев пишет о музыканте также в негативном ключе: "Везде мы видим его стремящимся к эффекту противному хорошим принципам, могущему ослепить и поразить только невежд. Как церковный компоэитор, он модулирует вкось и вкривь, и бросает свои идеи одну за другою, не развивая их. Как органист, он своим вычурным исполнением искажает характер самого величественного и торжественного инструмента. Как толкователь чужих сочинений он их произвольно изменяет, дополняет, путает и передаёт совсем не так, как хочет автор. Как учитель композиции, он даёт общие правила, делающие сочинение невозможным".