В 1973 году закончил уфимскую среднюю школу № 62. В 1979 году закончил с отличием физический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова (кафедра математики).
В 1982 году закончил аспирантуру ИПМ АН СССР и защитил кандидатскую диссертацию, в 1990 году — докторскую.
Автор более 350 научных работ.
Первые работы Г.Г. Малинецкого в ИПМ им. М.В. Келдыша РАН в 1977-1982 гг. были связаны с анализом нестационарных диссипативных структур, развивающихся в режиме с обострением, в нелинейных системах типа реакция-диффузия. Г.Г. Малинецким был исследован широкий круг проблем лазерной термохимии и теории СВЧ-пробоя. Выделен класс задач, в которых на развитой стадии могут возникать пространственно локализованные диссипативные структуры. Построенная теория позволила обнаружить предсказанные эффекты при воздействии лазерного излучения небольшой мощности на поверхность металлов.
В 1989-1994 гг. им были получены принципиальные результаты в области прогноза поведения сложных систем. Были разработаны эффективные вычислительные алгоритмы оценки количественных характеристик динамического хаоса по временному ряду наблюдений, широко применяемые в настоящее время. Эти методы были эффективно использованы при решении ряда задач геофизики, гидродинамики, медицинской диагностики. Был предложен ряд новых подходов к прогнозу редких катастрофических событий. В частности, были разработаны новые модели теории самоорганизованной критичности и распознающие нейронные сети с хаотическим поведением элементов. Применение последних резко снижает возможность ложного распознавания образов и вероятность эффекта "ложной памяти".
В 1993-2003 гг. под его руководством выполнен ряд принципиальных работ по моделированию и прогнозу развития высшей школы. Им были предложены новые классы математических моделей — динамические системы с "джокерами" и нейронные сети с переменной структурой связей, которые оказались эффективными при анализе ряда проблем теории риска, математической психологии, большого класса социальных процессов.
В 2003-2009 гг. под руководством Г.Г. Малинецкого и при его непосредственном участии был предложен ряд компьютерных моделей для анализа, прогноза и мониторинга инновационных процессов в экономике России.