Герман VI был сыном Германа V, маркграфа Бадена, и Ирменгарды Вельф, дочери Генриха I, пфальцграфа Рейнского. После смерти отца Герман VI и его младший брат Рудольф I разделили власть в Бадене. Но в 1248 г. при поддержке папы Иннокентия IV был организован брак Германа и герцогини Гертруды Бабенберг, наследницы Австрии и Штирии. Герман VI уехал в Вену, оставив свои родовые владения брату.
Правление Германа в Австрии было неудачным. Австрийское дворянство и горожане не оказали ему поддержку. Герману пришлось искать убежища у баварского герцога. Власть в Австрии оспаривали сторонники императора и приверженцы Маргариты Бабенберг, тётки Гертруды. В октябре 1250 г. Герман VI скончался, оставив после себя годовалого сына Фридриха.