1 апреля 1933 года начал свою офицерскую карьеру в немецкой армии став кадетом. В 1935 году стал лейтенантом, служил батальонным и полковым адъютантом и командиром роты в 1 и 35 танковых полках.
Участвовал в Польской кампании 1939 года и во Французской кампании, во время которой был дважды ранен.
К 1942 году окончил офицерский колледж Генерального штаба и в 1942 году и назначен командиром подразделения бронемашин в составе 116-й танковой дивизии, проходя стажировку при штабе дивизии.
В 1943 году Гейнц Гюнтер получил звание оберст-лейтенанта и стал офицером штаба по операциям в 116-й танковой дивизии. В ходе войны он был трижды представлен и наконец 5 октября 1944 года награждён Рыцарским Крестом Железного Креста.
Также за войну он написал несколько пропагандистских эссе для книги о германских танковых войсках.
В 1956 году он начал службу оберст-лейтенантом в германском Бундесвере, став в 1958 году — командиром 3 танкового батальона (Panzerbattalion 3), позже 174) и чуть позже 14 танковой бригадой (Panzerbrigade 14). Затем занимал разные штабные должности.
В 1967 году, как и его отец, он стал инспектором танковых войск (нем. Inspekteur der Panzertruppen). В 1972 году ему было присвоено звание генерал-майора. В отставку он ушёл в 1974 году.
В 1994 году Гейнц Гюнтер написал мемуары о 116-й танковой дивизии (Geschichte der 116. PzDiv 1944-45 / Das letzte Kriegsjahr im Westen).
Гейнц Гюнтер имел пятерых детей, один из сыновей стал военным и в 1972 году, в звании лейтенанта, начал службу в подразделении лёгкой пехоты (нем. Jagereinheit).