Учился в Европе у Вианы да Мотта и Фердинана Мота-Лакруа. По возвращении в Бразилию концертировал и преподавал. В 1916 г. возглавил Институт искусств в Порту-Алегри, много работал над развитием музыкальной жизни в регионе Риу-Гранде-ду-Сул. В 1931 г. был приглашён возглавить Национальный институт музыки в Рио-де-Жанейро. В 1934 г. по инициативе Фонтаиньи начал выходить первый в Бразилии музыковедческий журнал Revista Brasileira de M?sica. Автор учебника игры на фортепиано. Среди учеников Фонтаиньи был ряд заметных бразильских музыкантов, в том числе Радамес Гнаттали.