Перейра — воспитанник Академии клуба «Ривер Плейт», в котором он начал профессиональную карьеру. В составе «миллионеров» он четырежды становился чемпионом Аргентины.
С 2004 года выступал за испанскую «Мальорку». Чтобы не попадать на лимит легионеров не из стран ЕС, Перейра принял итальянское гражданство.
В российскую команду «Локомотив» он пришёл в последний день дозаявочной компании, 14 марта 2008 года, когда сорвался переход из «Сантоса» из-за проблем со здоровьем полузащитника Родриго Соуто. За переход Перейры ФК «Локомотив» заплатил «Мальорке» 3 миллиона евро. Однако у Ариэля было множество проблем со здоровьем и закрепиться в московской команде он не сумел.
В феврале 2009 года перешёл в швейцарский клуб «Янг Бойз», первый матч в составе которого провёл 4 марта в кубке Швейцарии.
С 2010 года выступает за «Сан-Лоренсо».