Родился в г. Панама 12 мая 1936 года.
Закончил юридический факультет Панамского Университета, затем получил дополнительное высшее образование в Нью-Йоркском университете.
Политическую карьеру начал в 1961 г., в качестве одного из основателей т. н. «панаменистской партии» (исп. Partido Paname?ista), возглавляемой Арнульфо Ариасом. Через три года, в 1964 г. проиграл выборы на пост депутата. Неудача была связана с коррупционным скандалом в рядах панаменистов.
После этой неудачи Эндара не выходит из политической тени Ариаса, и в 1968 г., когда Ариас уже в третий раз приходит к власти, Эндара получает портфель министра Планирования и Экономической Политики. Однако правление Арнульфо Ариаса на этот раз длилось всего 11 дней и, каки в предыдущие два раза, было свергуто в результате военного переворота. Эндара уходит в подполье, но в 1971 г. он арестован, заключен в тюрьму а затем выслан в США.
В 1977 г. вместе с другими панамскими оппозиционерами Эндара возвращается в Панаму и, фактически возглавив панаменистскую партию, ратует за возвращение во власть Ариаса, «трижды свергнутого президента Панамы».
В 1989 г. Эндара заключает союз с рядом оппозиционных партий и выдвигает свою кандидатуру на президентских выборах. 7 мая 1989 г., Эндара вместе со своими двумя кандидатами в вице-президенты, Рикардо Ариасом и Гильермо Фордом, возглавляют демонстрацию в знак протеста против фальсификации выборов Мануэлем Норьегой.
20 декабря 1989 г. происходит военная интервенция американцев, режим Норьеги свергнут. В тот же самый день, Гильермо Эндара принимает бразды правления, в то время, как Панама фактически контролируется американскими войсками.
В августе 1990 г. происходит первый кризис правительства, неожиданно отправлен в отставку начальник полиции.
В 1994 г. Эндара не выдвинул свою кандидатуру на очередных президентских выборах.
Умер 28 сентября 2009 года.