Вместе с отцом, графом Гильомом I, он принимал участие в войне против короля Франции Людовика VII. В результате войны король конфисковал графство Шалон, а Гильом I умер в изгнании в 1168 году.
После смерти отца Гильом II решил попросить прощения у короля. Он отправился в Везелей, где король даровал ему обратно графство Шалон. Но часть графства, права на которую в своё время продали наследники Саварика де Вержи, осталась в руках герцога Бургундии. Позже он женился на дочери императора Фридриха Барбароссы. В 1180 году он вступил в борьбу с аббатством Клюни, поддерживая своего зятя. По призыву аббата Клюни в эту борьбу вмешался король Филипп II Август, который вынудил Гильома заключить соглашение с аббатством в замке Лурдон.
В 1186 году Гильом выдал свою наследницу Беатрис за графа Осона Этьена III. А в 1190 году вместе с герцогом Бургундии Гуго III отправился в Третий крестовый поход. Регентом графства Шалон он оставил свою дочь. После возвращения из Палестины в 1192 году он отрёкся от престола в пользу дочери Беатрис и окончил жизнь монахом в Клюни. Умер он в 1202 году.
Жена: с 1173 Беатрис фон Гогенштауфен (1156—1181), дочь императора Фридриха Барбароссы