Вся спортивная карьера Гийома Фэвра связана с нёвшательским «Ксамаксом», в системе которого он занимается футболом с 2001 года. До 2006 года играл в молодёжных составах клуба. Первый свой матч на высшем уровне провёл 10 мая 2008 года в гостевом матче швейцарской Акспо Суперлиги против «Люцерна» и смог оставить свои ворота на замке (2:0 в пользу «Ксамакса»).
В сезоне 2008/09 Фэвр отыграл за «Ксамакс» 29 матчей, в которых пропустил 51 мяч.
В следующем сезоне Гийом потерял место основного вратаря клуба и провёл в чемпионате лишь шесть последних матчей (13 пропущенных мячей).
Чемпионат 2010/11 Фэвр провёл в аренде в лихтенштейнском «Вадуце», где был дублёром Петера Йеле. В восьми матчах за клуб пропустил 15 мячей. Выиграл Кубок Лихтенштейна, сыграв в основе в четвертьфинальном и полуфинальном матчах и в обеих играх оставив свои ворота «сухими».
Сезон 2011/12 Гийом Фэвр проводит в качестве основного вратаря «Виля».
Обладатель Кубка Лихтенштейна: 2011