В крещении получила имя «Гизелла» (с двумя «л»), но всегда писала своё имя с одним «л»; названа в честь Гизеллы Венгерской, жены венгерского короля Иштвана I Святого. Как и её старшая сестра, рано умершая София-Фридерика и брат Рудольф воспитывалась у своей бабушки, эрцгерцогини Софии. Всю жизнь сохраняла хорошие отношения с Рудольфом и была потрясена его самоубийством. Отец тепло относился к Гизеле, а мать, Елизавета, была к ней холодна и считала её некрасивой.
20 апреля 1873 года Гизеле вступила в брак с Леопольдом Баварским, своим троюродным братом. Франц-Иосиф с одобрением встретил этот брак, так как найти подходящего жениха-католика было не так уж легко. Через год у Гизелы родилась первая дочь — Елизавета-Мария; всего у супругов было четверо детей. В Мюнхене в честь молодой супруги Леопольда назвали улицу — Гизелештрассе.
Гизеле активно занималась благотворительностью, организовала несколько благотворительных фондов в поддержку малоимущих, слепых и глухих. В Мюнхене её прозвали «Добрым ангелом из Вены». Во время Первой мировой войны открыла во дворце военный госпиталь, где сама ухаживала за ранеными. Во время революции 1918 года королевская семья бежала из Мюнхена, но Гизеле осталась во дворце, и принимала участие в состоявшихся в 1919 году выборах в Национальную ассамблею, в которых впервые могли принять участие женщины старше двадцати лет.
В 1923 году Гизеле и её муж отпраздновали золотую свадьбу. Леопольд скончался в 1930 году. Гизеле пережила его на два года и похоронена рядом с ним в церкви святого Михаила в Мюнхене.
У Гизелы и Леопольда было четверо детей: