Мухаммед Гонейм окончил Каирский университет в 1934 году, где он занимался на кафедре египтологии, основанной русским египтологом В.С. Голенищевым, который был первым руководителем этой кафедры с 1924 по 1929 годы. После окончания университета Мухаммед Гонейм работал сначала хранителем Департамента древностей в Саккара, а затем, в 1939 году получил должность Главного инспектора Департамента древностей в Саккара. В качестве инспектора Департамента древностей учёный успел поработать в Асуане, в Эдфу (Идфу), в фиванском некрополе в Луксоре, какое-то время занимал эту должность для всего Южного Египта.
9 марта 1951 года Мухаммеда Гонейма снова перевели инспектором в Саккара. На этом посту учёный принимал активное участие в раскопках в некрополе Саккара, а также изучал храм Униса, расположенный близ Мемфиса. 27 сентября 1951 вернулся к раскопкам в Саккара, и 29 января 1952 сделал открытие, принёсшее ему мировую известность: обнаружил там остатки незавершённой пирамиды, засыпанной песками пустыни. Раскопки этой пирамиды продолжались несколько лет, и 31 мая 1954 года Гонейм вступил в погребальную камеру, где обнаружился нетронутый алебастровый саркофаг. Путём анализа надписей на саркофаге и путём сравнительного анализа незаконченной пирамиды и гробниц фараонов III династии Гонейм доказал, что обнаруженное в пирамиде имя, обведённое в серех Хора, вероятно принадлежит неизвестному до тех пор наследнику Джосера — Сехемхету. Таким образом, открытая Гонеймом пирамида стала считаться второй по древности в Египте после пирамиды Джосера.
Мухаммед Закария Гонейм погиб при трагических обстоятельствах (безосновательно обвинённый в нелегальной контрабанде древностей, Гонейм бросился в Нил) в 1959 году. Его мраморный бюст выставлен перед Египетским музеем в Каире.