Принадлежит к «чешской школе» югославских режиссёров, куда входят Горан Паскалевич, Лордан Зафранович, Райко Грлич, Эмир Кустурица. Автор нескольких книг. С 1979 года — профессор кафедры кинорежиссуры Белградской школы драматических искусств. Член Европейской Академии кино и телевидения.
Сын югославских актёров Раде и Оливеры Маркович. Закончил белградскую гимназию № 5. В 1965-70 изучал режиссуру в ФАМУ в Прага.
Его первая полнометражная картина «Специальное воспитание» (1976), получила в 1977 году 14 призов на Югославском кинофестивале в Пуле, а также 4 приза МКФ в Маннгейме (Германия)и стала самым кассовым югославским фильмом.
В 1978 поставил комедию «Национальный класс», чьи кассовые сборы даже превысили успех первой картины. В 1980 комедия «Мастера, мастера» получила «Золотого орла» за режиссуру на первом МКФ в Маниле.
В 1982 снял одну из своих лучших работ «Вариола Вера».
В 1987 триллер «Дежа вю» собрал все первые призы на югославских кинофестивалях, а также участвовал в программе «Панорама» Берлинского Международного Кинофестваля.
В 1992 закончил совместную югославо-французскую картину «Тито и я», получившую приз за лучшую мужскую роль Международном кинофестивале в Сан-Себастьяне.
В 1994-95 снял франко-болгарскую ленту «Трагедия бурлеска», получившую приз за режиссуру на МКФ в Монреале.
В 2001 снял автобиографическую, полуигровую-полудокументальную ленту «Сербия год нулевой», включённую в программу «Новые территории» Венецианского кинофестиваля.
В 2003 поставил «Кордон», освещавший гражданские протесты в Сербии в 1996 и 1997. Картина получила «Гран-при Америк» в Монреале.
В 2002 году в Роттердаме была представлена полная ретроспектива фильмов Горана Марковича.
«Я не люблю ставить однотипные картины, мне скучно снимать одну историю всю жизнь. Мои фильмы очень разные — комедии, драмы и даже ужастики.