С 1921 года по 1933 год Гюнтер изучает синологию и философию в Гейдельбергском и Берлинском университетах, в 1933 году защитил докторскую диссертацию по философии Гегеля под руководством Эдуарда Шпрангера. С 1935 года по 1937 год работает в научно-исследовательском институте Арнольда Гелена при Лейпцигском университете, публикует сочинение «Христианская метафизика и рок современного сознания» (нем. Christliche Metaphysik und das Schicksal des modernen Bewusstseins) совместно с Хельмутом Шельским. Гюнтер был участником Лейпцигской школы социологии.
В том же году он и его жена психолог Мария Гюнтер-Гендель эмигрировали сперва в Италию, затем в Стелленбосский университет в Южно-Африканской республике и в 1940 году в США. Он завершил его систему логики и морфограмматики. Значительное сочинение «Философская концепция неаристотелевской логики» (нем. Die philosophische Idee einer nicht-Aristotelischen Logik) было издано в 1957 году. В качестве исследователя и профессора он был принят на факультет электротехники Иллинойского университета в Урбана-Шампейн, где работал совместно с Уорреном Мак-Каллок, Хейнцем фон Фёрстером, Умберто Матураной и другими. В 1962 году он опубликовал книгу «Кибернетическая онтология и трансузловые операции» (англ. Cybernetic ontology and transjunctional operations). Позже он читал лекции в Гамбургском университете до смерти в 1984 году.