Готхард Кетлер происходил из благородного вестфальского рода и был 9 ребёнком немецкого рыцаря Готхарда Кетлера и его жены Софии Нессельроде. Его старший брат, Вильгельм Кетлер, был епископом Мюнстера. В 1554 году Готхард стал комтуром Динабурга, а в 1557 году комтуром Феллина.
В 1559 году Кетлер становится ландмейстером Тевтонского ордена в Ливонии, после того как отряды московитов пленили его предшественника Фюрстенберга в ходе Ливонской войны.
В 1561 году Кетлер принял лютеранство, однако вступил в военно-политический союз с польским королём-католиком Сигизмундом Августом, верховенство которого он признал по Виленской унии. С этого времени территория ландмейстерства Тевтонского ордена в Ливонии отходила к Речи Посполитой. Кетлер становился герцогом Курляндии. 11 марта 1566 года он женился на Анне — 33-летней герцогине Мекленбургской.
Умер 17 мая 1587 года в Митаве, оставив сыновей Фридриха и Вильгельма. Мужская линия его дома пресеклась в 1737 году со смертью герцога Фердинанда.