В 1874—1876 гг. учился в Венском университете. Затем переехал в Тюбинген, чтобы учиться у Симона Швенденера.
C трудами Хаберландта связано развитие физиологии растений в начале XX века. Он предложил классификацию растительных тканей в зависимости от их функционального назначения.
В 1924 году Хаберландт был избран иностранным членом-корреспондентом Российской академии наук.