Говард Картер был младшим из 8 детей Самуила и Марты Картеров. Детство Говарда Картера прошло в Суоффеме в графстве Норфолк, поэтому во многих источниках именно этот городок обозначают как место рождения египтолога. Отец Картера, художник по профессии, с детства занимался обучением сына рисованию, прививая при этом интерес к истории культуры.
Говард Картер занимался археологией с 1891, вступив в возрасте 17 лет в Британскую организацию археологических исследований Египта. К 1899 он принимал участие в ряде археологических экспедиций в Египте, зарисовывая надписи, скульптурные изображения и архитектуру Древнего Египта. В частности, он работал на раскопках в Бени-Хассане, резиденции периода Среднего царства. Некоторое время начинающий египтолог работал под началом ведущего специалиста в области археологии Уильяма Флиндерса Питри. Известность ему принесли проведённые в 1893—1899 исследования Джесер Джесеру — построенного в XV веке до н. э. архитектором Сенмутом для женщины-фараона Хатшепсут террасного поминального храма и скальной гробницы в Дейр-эль-Бахри на западе Фив.
В 1906 Говард Картер познакомился с археологом-любителем и коллекционером древностей лордом Карнарвоном, выделившим средства на дальнейшие археологические изыскания профессионального коллеги. С 1914 Картер и Карнарвон приступили к совместным раскопкам в Долине Царей. В результате их сотрудничества при раскопках фиванского некрополя были открыты гробница Аменхотепа I и захоронения нескольких цариц XVIII династии. Дальнейшие раскопки были прерваны Первой мировой войной, но, как только позволили обстоятельства, Картер убедил Карнарвона продолжить исследования в Долине Царей.
Тандем Картера и Карнарвона вскоре стал всемирно знаменитым: азартный Карнарвон нашёл храброго, практичного и самоотверженного энтузиаста, идеально подходящего для реализации идеи, которой был одержим лорд — находки гробницы неизвестного до тех пор эфемерного фараона конца XVIII династии, Тутанхамона. Научное сообщество скептически отнеслось к изысканиям Картера и Карнарвона, а вскоре и сам лорд утратил интерес к неудачным раскопкам. Однако 4 ноября 1922 Картер нашёл засыпанный вход в гробницу KV62, причём печати на дверях оказались нетронутыми, что вселяло серьёзные надежды на возможность совершения крупнейшего археологического открытия века. Строители усыпальницы фараона XX династии Рамсеса VI, видимо, засыпали путь в гробницу Тутанхамона, что объясняло её относительную сохранность.
26 ноября 1922 Картер и Карнарвон стали первыми за три тысячелетия людьми, спустившимися в гробницу (грабители, которые могли побывать в гробнице, очевидно, спускались в неё ещё во времена XX династии). После длительных раскопок 16 февраля 1923 Картер, наконец, спустился в погребальную камеру гробницы («Золотой чертог»), где находился саркофаг фараона. Среди погребённых с ним утвари и прочих предметов было обнаружено множество образцов искусства, носящих печать влияния Амарнского периода. Гробница юноши-царя, остававшаяся запечатанной более трёх тысяч лет, оказалась практически не тронута расхитителями гробниц и содержала более трёх с половиной тысяч предметов искусства, большая часть которых находится ныне в Каирском музее. Самым прославленным экспонатом музея считается найденная в той же гробнице посмертная маска Тутанхамона, выполненная из 11,26 кг чистого золота и множества драгоценных камней.
Открытие гробницы малоизвестного преемника знаменитого Эхнатона освещалось в средствах массовой информации как самое значительное открытие в истории египтологии и, возможно, археологии вообще. Владелец обнаруженных сокровищ, тогда ещё практически неизвестный юный правитель Египта, сразу же превратился в объект повышенного внимания, а феноменальное открытие не только сделало его имя общеизвестным, но и вызвало очередной всплеск обновлённого интереса ко всем следам египетской цивилизации в современном мире.
Лорд Джордж Карнарвон, финансировавший раскопки, умер 5 апреля 1923 в каирской гостинице «Континенталь» от воспаления лёгких, однако практически сразу возникли мистификации вокруг его смерти (говорилось даже о «заражении крови вследствие ранения бритвой» или «таинственного укуса москита»). В последующие годы пресса подогревала слухи о «проклятии фараонов», якобы приведшего к гибели первооткрывателей гробницы, насчитывая до 22 «жертв проклятия», 13 из которых непосредственно присутствовали при вскрытии гробницы.
Однако факты свидетельствуют о том, что доказательства «проклятия» были подогнаны для достижения газетной сенсации: абсолютное большинство участников экспедиции Картера достигли преклонного возраста, а средняя продолжительность их жизни составляет 74,4 лет. Говард Картер, непосредственно руководивший всеми работами в гробнице, казалось бы, должен был пасть первой жертвой «проклятия фараона», однако он скончался последним — в 1939 году в возрасте 64 лет, в своей постели и в силу естественных причин.
Раскопки Картера в Долине Царей вызвали рост повсеместного интереса к археологии в целом и Древнему Египту в частности.