Говхар Бахшалиева родилась в 1954 году в Барде. В 1977 году с отличием окончила факультет востоковедения Азербайджанского Государственного Университета по специальности преподаватель восточных языков и литературы. В 1984 году защитила кандидатскую, а в 1996 году докторскую диссертацию. Является автором 4 книг и около 80 научных трудов.
Свою трудовую деятельность Говхар Бахшалиева начала в 1977 году в качестве главного лаборанта в институте востоковедения Академии наук Азербайджана. В 1978-86 гг. работала младшим научным сотрудником института, в 1986-89 гг. научный работник, 1989 - 1993 гг. главный научный сотрудник, а с 1993 по 1997 гг. - заместитель директора по научной работе. С 1997 года и до сих пор является директором института востоковедения.
В ноябре 2000 года Говхар Бахшалиева была избрана в Милли меджлис, парламент Азербайджана, по 57-му Агджабеди-Бардинскому избирательному округу.
Имеет сына. Ее отец - Бахшали Бахшалиев в 1970-80 гг. возглавлял Министерство финансов Азербайджанской ССР.
Исследование древней и современной арабской литературы, арабоязычной азербайджанской литературы, арабоязычных источников, арабо-азербайджанских литературных связей.