Первым клубом Грегори Пюжоля стал французский «Нант», в составе которого форвард дебютировал 26 сентября 2001 года в матче Лиги Чемпионов против «Галатасарая». В чемпионате Франции нападающий впервые появился на поле почти год спустя—11 сентября 2002 года в гостевом поединке против «Монако». В Лионе Пюжоль играл до лета 2005 года, когда был отправлен в годичную аренду в бельгийский «Андерлехт». После возвращения из Бельгии форвард отправился в «Седан», а летом 2007 года стал игроком «Валансьена».