Будучи преемником Гонория III (1216—1227), следовал традициям Григория VII (1073-85) и Иннокентия III, продолжая укрепление римского престола.
Григорий IX одобрил Северные крестовые походы Тевтонского ордена, целью которых было крещение прибалтийских язычников (в этот период — еми), и которые привели к столкновениям Тевтонского ордена с Псковской и Новгородской республиками) В булле от 24 ноября 1232 года Григорий IX просил Ливонское братство меча направить войска, чтобы защитить наполовину языческую Финляндию, крещение которой проводили шведские епископы, от колонизации её новгородцами. В 1234 году войска Ливонского ордена потерпели поражение от новгородцев, возглавляемых князем Ярославом Всеволодовичем, в сражении на Омовже близ Юрьева.
В 1232 году передал инквизицию в руки доминиканцев. Боролся с Фридрихом II Гогенштауфеном за укрепление папской власти в Италии. В 1239 году отлучил его от церкви. Попытка организации собора для осуждения императора в 1241 году была сорвана действиями императорского сына Энцио, перехватившего на море корабли с епископами. Войско императора подступило к Риму, в то время как монголы вышли на границы Германии (существует версия о стратегическом союзе монголов с императором против гвельфов). В этой обстановке Григорий IX скончался.
Канонизировал Франциска Ассизского (которого знал лично) и многих других популярных в католицизме святых.