Родился в 1591 году. Отец его был крестьянин по имени Мирон, а попросту Нерон. При крещении получил имя Гавриил. Родители крещёного Гавриила дали ему другое имя — Иоанн. В юношеском возрасте Иоанн оставил семью, ушёл в Вологду и далее в Устюг. Здесь он выучился читать.
Странствуя далее, Иоанн пришёл в город Юрьевец в село Никольское, где поселился у священника и стал изучать церковный устав. Женился на дочери священника Евдокии. Поссорившись с греховными священниками, Иоанн убежал из села в Троице-Сергиеву лавру. Здесь принял сан диакона, а через год (приблизительно в 1625 году) был поставлен во священника и вернулся в село Никольское.
Взяв жену, он перешёл в село Лысково викарным священником, а затем в Нижний Новгород. Здесь поселился при запустелой церкви и начал служить в ней, прославился проповедями и борьбой со скоморохами. Воевода Фёдор Шереметьев привлёк Неронова к суду, как виновника смятений, и посадил в тюрьму. Желая получить известность в глазах царя и патриарха, Неронов старался проповедовать своё мнение на Москве, за что был сослан его в Корельский монастырь. Здесь он снова стал обличать игумена и монахов. Сотворяя чудеса и избегая смерти от коварных врагов, получил прощение и вернулся в Нижний Новгород.
В это время царский духовник Стефан Вонифатьев и постельничий Фёдор Михайлович Ртищев упросили царя Алексея Михайловича утвердить в церквах единогласное пение вместо многогласного. Для воплощения реформы Неронова в 1640 году вызвали в столицу и сделали протопопом при церкви Казанской Богородицы на Красной площади. Пять лет Иоанн Неронов проповедовал здесь, принимал странников и больных.
Тем временем в Москве набирала силу реформа патриарха Никона. Неронов имел разногласия с Никоном, за что по решению собора был сослан в Новоспасский монастырь, потом в Симонов и в Спасо-Каменный. Тут его приняли как страдальца и предоставили удобную жизнь. Впрочем, и здесь Иоанн придирался к монахам, почему скоро надоел всей братии. Он продолжает писать челобитные царю. По жалобе насельников монастыря Неронова сослали в Кандалакшский монастырь под крепкий затвор.
По словам протопопа Аввакума, Григорий Неронов в это время был главой всего раскола.
Архимандрит Илия, знавший Неронова и сам державшийся раскола, дал ему отдохнуть и снабдил припасами для пути в Москву. Дорога лежала через Архангельск и Переславль. Тут Неронов остановился в Данилове монастыре у архимандрита Тихона и жил тайно.
Боясь предстать перед патриархом в облике расколоучителя, Иоанн принимает постриг. В иноческом чине Неронов прибыл в Москву, где жил тайно, рассылал письма и проповедовал раскол.
После изгнания патриарха Никона инок Григорий решил вернуться в раскол. Негодуя против никоновских порядков, Неронов снова пишет царю упрёки и доносит на епископов, за что получает ссылку в Вологду. По пути он ищет поводы к мятежу, отправляет царю свои жалобы.
1 июля 1666 года — собор ссылает Неронова в Иосифо-Волоцкий монастырь.
31 августа 1666 года — собор отлучил Неронова от священства и отдал под строгий надзор.
Теперь стало ясно, что даже без патриарха Никона другие епископы не допустят дерзостей Неронова. В это время для суда над Никоном прибыли Александрийский и Антиохийский патриархи. На суде, где патриархи разбирали дело Неронова, он покаялся и вернулся ко Православию.
В Данилове монастыре в это время не было настоятеля. Упросив братию отпустить его в Троице-Сергиеву лавру, Неронов пришёл туда через день после прибытия царя. В разговоре Неронов жаловался на несправедливые кары и просил простить его. Царь приказал ему идти в Москву и дожидаться решения.
2 октября 1669 года Неронов сделан архимандритом Данилова монастыря.
Управление его монастырём было образцовым, он служил и проповедовал каждый день. После литургии всем, бывшим в обители, давал обед. Архимандрит продолжал придирчиво следить за церковной службой. На шестое воскресенье после Пасхи он был в церкви Введения Пресвятой Богородицы в Рыбной слободе, стал делать свои замечания, но прихожане, помня его ссылку, просто выгнали Неронова из церкви.
Архимандрит Григорий Неронов умер 2 января 1670 года, имея 79 лет от роду, и погребён в паперти соборной церкви Данилова монастыря. Над его могилой в стене собора есть белокаменная плита.