Родился в Теплиц-Шёнау в Судетской области Богемии, входившей тогда в состав Австро-Венгерской империи. Во время Первой мировой войны в качестве вольноопределяющегося служил в Южном Тироле.
После окончания войны переехал из оказавшихся в составе Чехословакии Судет в Зальцбург в Австрии. В 1926 году устроился на работу в полицейское управление Зальцбурга, затем после двухгодичного военного и специального обучения был принят на государственную службу.
В 1929 году Ахамер-Пифрадер женился на уроженке Зальцбурга Марии Хаузер (Maria Hauser), 1906 года рождения, от которой имел трёх детей.
До февраля 1935 года служил офицером железнодорожной полиции в Зальцбурге. Не прекращая профессиональной деятельности, в 1930 году приступил к изучению юриспруденции и общественно-политических наук в Инсбруке, там же 7 июля 1934 года защитил диссертацию и получил учёную степень доктора права.
10 ноября 1931 года вступил в австрийское отделение НСДАП (билет № 614 104). В феврале 1935 года был уволен из полиции из-за членства в запрещённой в Австрии НСДАП. В июне 1935 года под угрозой ареста за участие в деятельности нелегальных нацистских формирований бежал из Австрии в Германию. Был принят на службу в полицию Мюнхена делопроизводителем. 3 сентября 1935 года вступил в СС (билет № 275 750).
12 сентября 1935 года Ахамер-Пифрадер был зачислен в Гестапо, а 15 апреля 1936 года переведён в центральный аппарат Гестапо в Берлине. В 1938 году стал начальником отдела II 1 С Гестапо, занимавшегося вопросами австрийских беженцев. В марте 1939 года был временно командирован в Вену для организации отделения Гестапо. С 14 апреля 1940 года — заместитель инспектора полиции безопасности и СД в Висбадене, одновременно с 1 июня 1940 года — руководитель отделения Гестапо в Дармштадте (официально занимал оба поста до 1 июля 1942 года). 1 июля 1942 года стал инспектором полиции безопасности и СД (Inspekteur der Sicherheitspolizei und des SD) в Висбадене.
С 26 августа 1942 по 4 сентября 1943 года Ахамер-Пифрадер — командующий полицией безопасности и СД (Befehlshaber der Sicherheitspolizei und des SD) Имперского комиссариата «Остланд» (со штаб-квартирой в Риге) и уполномоченный по частям безопасности в тыловом районе группы армий «Север». 10 сентября 1942 года возглавил айнзатцгруппу «А», действовавшей на севере России (в том числе под Ленинградом и в Псковской области). Один из руководителей акций по уничтожению евреев и гражданского населения, а также массового террора на территории Прибалтики и на севере России. Одновременно с 23 октября 1942 по 28 июля 1943 года был начальником штаба соединений по борьбе с бандформированиями (Stabsschef Bandekampfverbandes); принимал активное участие в планировании и проведении карательных операций, в том числе против мирного населения. За заслуги в борьбе с партизанским движением 31 августа 1943 года был награждён «Железным крестом II класса» (Eisernen Kreuz 2. Klasse).
По возвращению в Берлин с 4 сентября 1943 по 9 января 1944 года Ахамер-Пифрадер был инспектором полиции безопасности и СД в Штеттине и одновременно — в Берлине (18 сентября 1943 — 15 января 1944 года). 26 февраля 1944 года он стал начальником управленческой группы «В» в составе IV управления РСХА (Гестапо) и одновременно руководителем реферата В1 («Запад и Север») в составе той же группы (Gruppenleiter B und Leiter der Referat B1 [West und Nordgebiete] in Amtsgruppe IV (GESTAPO) der RSHA).
20 июля 1944 года после покушения на А. Гитлера в Вольфшанце и попытки военных захватить власть в Берлине Ахамер-Пифрадер по личному поручению начальника Главного управления имперской безопасности Эрнста Кальтенбруннера явился в штаб заговорщиков — здание бывшего военного министерства в Берлине на Бендлерштрассе, чтобы выяснить у начальника штаба Армии резерва графа Клауса Шенка фон Штауффенберга причины его поспешного возвращения в Берлин из ставки Гитлера, но был арестован Штауффенбергом и посажен под замок в одну комнату к уже арестованным заговорщиками командующему Армией резерва генерал-полковнику Фридриху Фромму и генералу Корцфляйшу. Освобождён в тот же день верными Гитлеру частями, захвативших здание военного министерства.
После провала Июльского заговора 1944 года Ахамер-Пифрадер активно участвовал в арестах и следственных действиях полиции безопасности и СД, а также некоторое время руководил специальной комиссией, занимавшейся поиском пропавшего начальника V управления РСХА (Криминальная полиция, Крипо) Артура Небе, который, как оказалось, был одним из руководителей заговора. За свою роль в преследовании заговорщиков Ахамер-Пифрадер получил «Немецкий крест в серебре» (Deutsche Kreuz in Silber).
В апреле 1945 года возглавляемая Ахамер-Пифрадером управленческая группа была эвакуирована из Берлина в Австрию.
Ахамер-Пифрадер погиб 25 апреля 1945 года во время авиационной бомбардировки союзниками Линца, куда он отправился с инспекционной поездкой. Тогда попавшая в здание Гестапо в Линце на Ланггассе, 13 мощная бомба убила вместе с ним шефа Гестапо в Линце оберштурмбаннфюрера СС Леопольда Шпана и ещё 50 сотрудников Гестапо.