В 1962 году, по окончании гимназии Вильштеттера в Нюрнберге, Гюнтер изучает юриспруденцию в Эрлангенском университете и Мюнхенском университете Людвига-Максимилиана. В университете Эрлангена, в 1975 году, он получает степень доктора философии с диссертационной работой по теме «Преступления совести в уголовном и уголовно-процессуальном праве». В период с 1971 по 1978 год работает адвокатом.
Женат, трое детей. Протестант.
Депутат баварского парламента с 1974 года и бывший министр внутренних дел Баварии.
1 октября 2008 года подал в отставку с поста премьер-министра Баварии. Это было связано с неудачными для ХСС результатами выборов в ландтаг 28 сентября 2008 года, когда ХСС потерял абсолютное большинство мест и, впервые за последние десятилетия, был вынужден начать переговоры о формировании коалиционного правительства в Баварии.
В середине октября 2008 года руководство ХСС решило, что кандидатом партии на пост премьер-министра Баварии вместо него станет Хорст Зеехофер, который в то время занимал пост вице-президента ХСС и одновременно являлся министром сельского хозяйства и защиты прав потребителей в правительстве Ангелы Меркель. После голосования в ландтаге, состоявшемся 27 октября 2008 года, Зеехофер стал новым премьер-министром Баварии, совместив этот пост с постом лидера партии ХСС.