Гюнтер Цайнер был родственником Иоганна Цайнера, ульмского книгопечатника. Возможно, они были братьями. В 1463 году Гюнтер поженился на Агнессе Криг из Страсбурга, где работал художником и ювелиром. Обучался книгопечатанию Гюнтер, возможно, у Иоганна Ментелина. В 1468 году начал печатать книги в Аугсбурге. В 1472 году Гюнтер Цайнер стал аугсбургским бюргером.
Известно около 80 изданий, напечатанных Цайнером, большинство из которых предназначались для нужд духовенства. Цайнер также печатал популярную немецкую литературу, труды по архитектуре, медицине и календари.
Считается, что первой книгой, которую выпустил Цайнер, стали «Размышления о жизни Христа» Псевдо-Бонавентуры (1468). Среди других известных книг Цайнера:
Для книг Цайнера характерно высокое качество: бумаги, печати, а также шрифтов. Кроме того, книгопечатник уделял большое внимание декоративному оформлению: 32 книги были проиллюстрированы. В первом издании Библии на немецком языке использовано 73 больших инициала.