Родился 29 июня 1957 года в селе Бабарап Геок-Тепинского района Ашхабадской области Туркменской ССР.
В 1979 году окончил стоматологический факультет Туркменского государственного медицинского института, затем аспирантуру. Доктор медицинских наук, профессор по специальности «Социальная гигиена и организация здравоохранения».
Трудовую деятельность начал в 1980 году врачом-стоматологом. С 1980 по 1982 год работал врачом-стоматологом в сельской амбулатории села Эррик-Кала Ашхабадского района. С 1982 года по 1985 год — главный внештатный стоматолог Ашхабадского района. С 1985 по 1987 год являлся заведующим стоматологическим отделением Центральной районной больницы сельсовета Кеши Ашхабадского района и главным внештатным стоматологом Ашхабадской области.
1990—1995 гг. — ассистент кафедры терапевтической стоматологии, доцент, декан стоматологического факультета Туркменского государственного медицинского института.
1995—1997 гг. — директор стоматологического центра министерства здравоохранения и медицинской промышленности Туркменистана.
С 1997 года — министр здравоохранения и медицинской промышленности Туркменистана.
С 2001 года — заместитель председателя кабинета министров Туркменистана (председателем кабинета министров Туркмении являлся сам Ниязов). В ноябре 2006 года представлял Туркмению на саммите СНГ в Минске.
В прессе задолго до кончины С. А. Ниязова были распространены слухи, согласно которым, Гурбангулы Бердымухамедов — внебрачный сын Туркменбаши, косвенным подтверждением чему являлось внешнее сходство и тот факт, что ничего неизвестно о родителях Бердымухамедова.
После смерти Ниязова возглавил похоронную комиссию и стал по решению Государственного совета безопасности исполняющим обязанности президента. В соответствии с Конституцией Туркмению должен был возглавить Овезгельды Атаев — председатель меджлиса, но против него внезапно было возбуждено уголовное дело.
Получил 26 декабря на заседании халк маслахаты (Народного совета) единогласную поддержку 2507 делегатов высшего органа власти страны в качестве кандидата в президенты Туркмении.
Победил на выборах президента 11 февраля 2007 года с результатом 89,23 % и стал вторым президентом Туркмении.
Утром 14 февраля 2007 года ЦИК Туркмении объявил имя победителя, сразу после этого началась инаугурация нового президента. Бердымухамедову вручили удостоверение президента и отличительный знак в виде золотой цепочки с восьмигранной эмблемой. Новый президент прошёл по белому ковру, символизирующему светлый путь. Ему преподнесли сачак — завернутый в скатерть хлеб, колчан со стрелами, Коран и «Рухнаму».
23 апреля 2007 приехал с официальным визитом в Москву и провёл встречу с Путиным, в ходе которой обсуждались газовые контракты, сотрудничество в области медицины и образования и внешнеполитическая ориентация новых туркменских властей.
Победил на выборах президента 12 февраля 2012 года с результатом 96,70 %.
Это обещание уже получило своё воплощение. 17 февраля 2007 год
15 декабря 2011 года в ходе VII съезда Демократической партии Туркменистана и общенационального движения «Галкыныш» было объявлено, что на президентских выборах в 2012 году выставит свою кандидатуру Гурбангулы Бердымухамедов. 3 января 2012 года Бердымухамедов был зарегистрирован в качестве претендента на должность Президента Туркменистана. 9 января 2012 года Президент Туркменистана Гурбангулы Бердымухамедов выступил по национальному телевидению со своей превыборной программой.
Первым указом Бердымухамедов вернул десятилетнее образование в школы. Также была отменена униформа студентов высших учебных заведений, а традиционные платья, использовавшиеся в качестве школьной формы для девочек, были заменены на тёмно-зелёные платья европейского вида с фартуками.
Также он совершил некоторые изменения в государственной символике и ритуалах, которые интерпретируются как ограничение культа личности Ниязова: его имя было убрано сначала из текста присяги, а затем и из гимна Туркмении и заменено на слово «президент» (речь тем самым идёт не только о действующем президенте, то есть о Бердымухамедове, но и о всех будущих президентах, без возвеличивания конкретной личности).
Гурбангулы Бердымухамедов отказался от массового празднования своего дня рождения, отменил обязательные концерты, посвященные его визитам в различные регионы страны, а также клятву верности президенту, которую приносили служащие, студенты и школьники.
29 июня 2007 года, в ночь на день рождения новоизбранного президента, логотип телеканалов в виде изображения золотого бюста Туркменбаши исчез из программ туркменского телевидения. Сообщения российских информслужб о том, что это произошло 6 июля, отстали от факта почти на неделю.
Критикуется в несоблюдении прав человека и свободы слова. Все реформы президента были поверхностны и были направлены только на борьбу с культом Ниязова.