Гусейн Исмайлов родился 10 декабря 1952 года в селе Агбулаг Красносельского района Армянской ССР. Окончив в 1970 году среднюю школу в родном селе, поступил на филологический факультет Азербайджанского государственного педагогического института имени В. И. Ленина. В 1975—1976 годах служил в рядах советской армии.
В 1986 году в институте литературы имени Низами НАНА защитил диссертацию и получил степень кандидата филологических наук. С 1989 по 1997 год работал доцентом на кафедре Азербайджанского языка Азербайджанского института нефти и химии имени М. Азизбекова.
С 1989 по 1995 год работал заместителем директора «Дворца фольклора» — научно-культурного центра в составе института литературы им. Низами НАНА. С 1998 года и по сей день является директором «Дворца фольклора» (с 2003 года Институт Фольклора)
Гусейн Исмайлов — автор 200 опубликованных научных работ. Основными достижениями ученого являются — выявление процесса исторического развития ашугского искусства, определение фольклорной специфики древнетюркских (в том числе древнеазербайджанских) верований. Его заслугами являются выявление идейно-эстетических основ народной поэзии и их трансформации; определение историко-поэтических характеристик эпических жанров.