В качестве тренера добился наибольшего успеха в Дании c клубами «Копенгаген» и «Ольборг».
В 1970-х Бакке выступал в основном в низших дивизионах Швеции. Провёл один сезон в составе клуба Броммапойкарна.
Бакке начал карьеру в родной Швеции, в качестве главного тренера клуба Юргорден. За два сезона под его руководством клуб одержал 38 побед, 20 ничьих и только 12 поражений. В сезоне 1982 команда заняла первое место в «Дивизионе 2 Норра», который являлся на тот момент третьим уровнем в cистеме футбольных лиг Швеции. После ранних успехов с Юргорденом Бакке тренировал Мольде, Хаммарбю, Эстер, АИК и другие известные скандинавские клубы. В 1989 году вывел Эстер в Дивизион 1 Сёдра. В следующем сезоне клуб не потерпел ни одного поражения и вышел в Аллсвенскан — высшую лигу Швеции.
Ханс Бакке достиг наибольшего успеха в Дании, четыре раза выиграв Чемпионат Дании по футболу. В своем первом сезоне в Дании выиграл с Ольборгом Суперлигу 1998—1999 и довел клуб до финала Кубка Дании. В 2001 году вернулся в Данию, чтобы привести Копенгаген к верхней строчке. Во время его работы датчане были очарованы успехами клуба. Он помог клубу выиграть три Чемпионата Дании, один Кубок Дании и два Суперкубка Дании.
В 2006 году Бакке возглавил греческий клуб Панатинаикос, но был уволен спустя пять игр. Хотя Панатинаикос выиграл два из трех матчей в лиге, поражение дома от Ионикоса 2-0 и ничья с Металлургом Запорожье в Кубке УЕФА привели к его отставке.
В июле 2007 года Бакке назначен помощником главного тренера Манчестер Сити Свен-Ёран Эрикссона. До назначения на должность помощника он работал в качестве старшего советника Эстера и футбольного комментатора шведского TV4. Бакке подал в отставку с поста помощника главного тренера Манчестер Сити из-за семейных обстоятельств. Но уже через месяц он вернулся на свою прежнюю должность. Позже Бакке вместе с Тордом Грипом был назначен помощником Эрикссона, но уже в сборной Мексике.
27 октября 2009 Бакке был назначен главным тренером Ноттс Каунти. Шведский специалист подписал с клубом трехлетний контракт. Семь недель спустя, 15 декабря, ушел в отставку после спора о невыплате зарплаты. За время работы Бакке в Ноттс Каунти клуб одержал 4 победы (в том числе две в Кубке Англии), 3 ничьих и 2 поражения.
7 января 2010 Бакке назначен главным тренером клуба MLS Ред Булл Нью-Йорк.