Харуки Мураками родился в 1949 году в Киото, в семье преподавателя классической филологии.
Дед Харуки Мураками, буддийский священник, содержал небольшой храм. Отец преподавал в школе японский язык и литературу, а в свободное время также занимался буддийским просветительством. Учился по специальности «классическая драма» на отделении театральных искусств университета Васэда. В 1950 году семья писателя переехала в город Асия — пригород порта Кобэ (префектура Хёго).
В 1971 году женился на однокласснице Ёко, с которой живет до сих пор, детей нет. В 1974 году открыл свой джаз-бар «Питер Кэт» в районе Кокубундзи, Токио. В 1977 году переехал со своим баром в более спокойный район города, Сэндагая.
В апреле 1978 года во время бейсбольного матча понял, что мог бы написать книгу. До сих пор не знает, почему именно. По словам самого Мураками: «Я просто понял это — и всё». Мураками всё чаще оставался после закрытия бара на ночь и писал тексты — чернильной ручкой на простых листах бумаги.
В 1979 году опубликована повесть «Слушай песню ветра» — первую часть т. н. «Трилогии Крысы». Получил за неё литературную премию «Гундзо синдзин-сё» — престижную награду, ежегодно присуждаемую журналом «Гундзо» начинающим японским писателям. А чуть позже — премию «Нома» от ведущего литературоведческого журнала «Бунгэй» за то же самое. Уже к концу года роман-призёр был распродан неслыханным для дебюта тиражом — свыше 150 тысяч экземпляров в твёрдой обложке.
В 1980 году опубликована повесть «Пинбол 1973» — вторая часть «Трилогии Крысы».
В 1981 году Мураками продал лицензию на управление баром и стал профессиональным писателем. В 1982 году он закончил свой первый роман «Охота на овец» — третью часть «Трилогии Крысы». В том же году получил за него очередную премию «Нома».
В 1983 году опубликованы два сборника рассказов: «Медленной шлюпкой в Китай» и «Хороший день для кенгуру». В 1984 году был выпущен сборник рассказов «Светлячок, сжечь сарай и другие истории».
В 1985 году опубликован роман «Страна Чудес без тормозов и Конец Света», за который в том же году получил «премию Танидзаки». Кроме вышеупомянутого романа в этом году вышла книга детских сказок «Рождество Овцы» с иллюстрациями Сасаки Маки и сборник рассказов «Смертельный жар карусели с лошадками».
В 1986 году Мураками уехал с женой в Италию, а позже в Грецию. Пропутешествовал по нескольким островам Эгейского моря. В Японии вышел сборник рассказов «Повторный налёт на булочную».
В 1987 году опубликован роман «Норвежский лес». Переехал в Лондон. В 1988 году в Лондоне Мураками закончил работу над романом «Дэнс, Дэнс, Дэнс» — продолжение «Трилогии Крысы». В 1990 году в Японии вышел сборник рассказов «Ответный удар телепузиков».
В 1991 году Мураками переехал в США и занял должность стажёра-исследователя в университете города Принстон, штат Нью-Джерси. В Японии вышло 8-томное собрание сочинений, в которое вошло всё, что было написано в период с 1979 г. по 1989 г. В 1992 году получил степень адъюнкт-профессора Принстонского университета. Закончил и опубликовал в Японии роман «К югу от границы, на запад от солнца».
Уехав из Японии на Запад, он, прекрасно владевший английским языком, впервые в истории японской литературы начал смотреть на свою родину глазами европейца:
— вспоминал он в одном из своих интервью, которые не очень любит давать.
В июле 1993 переехал в город Санта-Ана, Калифорния, читал лекции по современной (послевоенной) мировой литературе в университете Уильяма Говарда Тафта. Посетил Китай и Монголию.
В 1994 в Токио вышли первые 2 тома романа «Хроники Заводной Птицы».
1995 — Вышел 3-й том «Хроник». В Японии случилось сразу две трагедии: землетрясение в Кобэ и зариновая атака секты «Аум Синрикё». Мураками начал работу над документальной книгой «Подземка».
В 1996 выпустил сборник рассказов «Призраки Лексингтона». Вернулся в Японию и поселился в Токио. Провёл ряд встреч и интервью с жертвами и палачами «заринового теракта».
В 1997 опубликовал документальный двухтомник о зариновой атаке в токийском метро «Подземка» и «Край обетованный». В 1999 опубликовал роман «Мой любимый sputnik». В 2000 выпустил сборник рассказов «Все божьи дети могут танцевать».
Январь 2001 — Переехал в дом на берегу моря в г. Оисо, где и живёт до сих пор.
Август 2002 — Написал предисловие к выходящей в Москве «Стране Чудес без тормозов».
В сентябре 2002 опубликовал свой десятый художественный роман, двухтомник «Кафка на пляже».
В феврале 2003 выпустил новый перевод романа Сэлинджера «Над пропастью во ржи», который побил все рекорды продаж переводной литературы в Японии начала нового века.
В июне-июле 2003 вместе с коллегами из клуба путешественников «Токийская сушёная каракатица» впервые побывал в России — на острове Сахалин. В сентябре уехал в Исландию. В это же время приступил к работе над очередным романом, который был опубликован в 2004 году под названием «Послемрак».
В 2006 писатель получил литературную премию имени Франца Кафки. Церемония награждения прошла в Городском Зале Собраний в Праге, где номинанту была вручена небольшая статуэтка Кафки и чек на 10 тысяч долларов.
В 2008 году в интервью информационному агентству Киодо Мураками сообщил, что работает над новым очень крупным романом. «Каждый день сейчас я сижу за столом по пять-шесть часов, — сказал Мураками. — Я работаю над новым романом уже год и два месяца». Писатель уверяет, что его вдохновляет Достоевский. «Он стал продуктивнее с годами и написал «Братьев Карамазовых», когда уже постарел. Мне бы хотелось сделать то же самое».
По словам Мураками, он намерен создать «гигантский роман, который бы поглотил хаос всего мира и ясно показал направление его развития». Именно поэтому писатель отказался сейчас от интимной манеры своих ранних произведений, которые обычно писались от первого лица. «Роман, который я держу в своей голове, сочетает взгляды разных людей, разные истории, что создаёт общую единую историю, — разъясняет писатель. — Поэтому я должен писать сейчас от третьего лица».
В 2009 году Харуки Мураками осудил Израиль за контр-террористическую операцию в секторе Газа .Об этом литератор сказал в Иерусалиме, воспользовавшись трибуной, предоставленной ему в связи с присуждением литературной Иерусалимской премии за 2009 год:
28 мая 2009 года в продажу в Японии поступил новый роман писателя «1Q84». Весь стартовый тираж книги был раскуплен ещё до конца дня.
В сентябре 2010 года в свет вышел русский перевод книги Мураками «О чем я говорю, когда говорю о беге». По словам автора, это собрание «зарисовок о беге, но никак не секретов здорового образа жизни». «Искренне писать о беге, — говорит Мураками, — означает искренне писать о самом себе».
Мураками перевёл с английского на японский ряд произведений Фрэнсиса Скотта Фицджеральда, Трумана Капоте, Джона Ирвинга, Джерома Сэлинджера и других американских прозаиков конца XX века, а также сказки Ван Альсбурга и Урсулы ле Гуин.
Женат, детей нет, увлекается марафонским бегом. В начале 1990-х вёл ток-шоу для полуночников на одном из коммерческих каналов в Токио, беседовал о западной музыке и субкультуре. Выпустил несколько фотоальбомов и путеводителей по западной музыке, коктейлям и кулинарии. Известен своей коллекцией из 40 тысяч джазовых пластинок.