Бергер родился в Бад-Ишле, провёл детство в Зальцбурге и посещал францисканский колледж в Фельдкирхе. В возрасте 18 лет Бергер переехал в Лондон, чтобы обучаться актёрскому мастерству. Для того, чтобы оплатить обучение, он подрабатывал официантом. С 1965 года он учился в университете Перуджи и снимался в эпизодических ролях.
В 1964 году Бергер познакомился с Лукино Висконти, который позже дал ему роль в эпизоде «Сожжённая ведьма» фильма «Колдуньи» (1967 год; фильм состоял из пяти эпизодов, снятых разными режиссёрами). Висконти стал главным режиссёром Бергера, а их гомосексуальные отношения продлились до смерти Висконти.
Всемирную известность Бергеру принесли роли Мартина фон Эссенбека в «Гибели богов» (1969), которую кинокритик Нью-Йорк Таймс Винсент Кэнби назвал «ролью года», и Людвига II в «Людвиге» (1972). В одном из эпизодов Гибели богов Бергер в женском платье пародирует песню, которую Марлен Дитрих исполняла в своём знаменитом фильме Голубой ангел. В более поздних фильмах режиссёры в основном эксплуатировали одновременно сексуальный и инфернальный образ Бергера, что позволило Андрею Плахову усомниться в наличии у Бергера собственного актёрского таланта.
В 1976 году умер Лукино Висконти, что привело Бергера к глубокой депрессии. В первую годовщину смерти Висконти Бергер совершил попытку самоубийства.
Бергер много снимался в 80-х и 90-х годах, в том числе на телевидении, но все его поздние работы уступали по качеству ролям в фильмах Висконти. В 1983—84 годах он даже снимался в одном сезоне популярной американской мыльной оперы Династия.
Хельмут Бергер был открытым бисексуалом, ему приписывались романы со знаменитостями обоего пола. Он много раз появлялся в ток-шоу на немецком и австрийском телевидении (что нередко оборачивалось скандалами). В 1998 году Бергер опубликовал автобиографию «Ich» (Я), большая часть которой посвящена его личной жизни.
В 2007 году Бергер был удостоен специальной премии «Тедди» Берлинского кинофестиваля (премия присуждается за киноработы, затрагивающие проблемы сексуальных меньшинств) за вклад в кинематограф.