Хенрик Понтоппидан родился в Фредерисии на Ютландском полуострове в многодетной семье. Когда Хенрику было шесть лет, родители переехали в центральную часть Ютландии, в город Рандерс. После окончания средней школы он поступил в Копенгагенский политехнический институт. В 1879 году он бросил институт и стал учителем в крестьянской школе во Фрерслеве, которую открыл его брат Мортен. В 1880 году он служил в армии, а в 1881 году он женился на Метте Мари Хансен, молодой крестьянке, с которой он познакомился во время преподавания, впоследствии у них было двое детей.
В этом же 1881 году году состоялся его литературный дебют — в еженедельнике «За рубежом и дома» («Udeog Hjemme») был опубликован его рассказ «Конец жизни» («Et Endeligt»).
В 1892 году Понтоппидан развёлся с первой женой и женился на Антуанетте Кофуд. Брак их был бездетным, она умерла в 1928 году.
Он умер 21 августа 1943 года.
Сборники рассказов:
Повесть:
Романы:
Автобиографические очерки