В 1986 был принят в компанию Konami на должность дизайнера в подразделении, занимавшемся проектами для MSX.
Первая игра над которой работал Кодзима в роли ассистента режиссёра — Penguin Adventure. Первый разработанный им проект — Lost World (был отменён Konami).
Первый выпущенный проект — Metal Gear для MSX 2 (консоль была популярна в основном в Европе и Японии, поэтому в США игра была издана значительно позже для Nintendo Entertainment System). Metal Gear уникален тем, что впервые явил миру жанр stealth-action, в котором большую часть времени предполагалось не сражаться, а прятаться от противников, а сами вооруженные столкновения были крайне невыгодны игроку.
В 1988 году Кодзима принял участие в разработке Snatcher, приключенческой видеоигры с элементами киберпанка. Игрок олицетворялся с Гиллианом Сидом, жителем огромного мегаполиса Нео-Кобе. По ходу игры он должен был узнать правду о своём прошлом. Проект был раскритикован, но довольно успешен.
В 1990 году выходит Metal Gear 2: Solid Snake для MSX и только в Японии, одна из лучших игр в серии MGS. Кодзима не стал менять формулу игрового процесса, уделив значительно больше внимания сюжету игры.
В 1992 выходит римейк Snatcher для PC-Engine, названный Snatcher CD-ROMantic, а в 1994 — Policenauts, приключенческая игра в стиле нуар. В 1996 оба проекта портированы на Sony PlayStation.
Долгожданный релиз Metal Gear Solid на PS превращает Кодзиму в звезду игровой индустрии. Этот проект впервые в серии MGS использовал 3D-графику, также он имел серьёзный сюжет и пришёлся по душе большинству игроков.
В начале 2000 Кодзима показал первые кадры Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, прямого продолжения Metal Gear Solid. Благодаря возможностям PlayStation 2 кинематографические вставки игры были весьма реалистичны, так же как графика и анимация. Проект вызвал и негативные отклики, связанные в основном с заменой Солида Снейка (главный герой предыдущих игр) на новичка Райдена, которому достался огромный второй эпизод игры.
До выхода MGS2 Кодзима спродюсировал Zone of the Enders, шутер от третьего лица с аниме-вставками, и уникальный проект для GBA под названием Boktai (главная идея заключалась в наличии сенсора, реагирующего на солнечный свет. Вокруг этого была построена большая часть игрового процесса). А в 2004 был выпущен римейк Metal Gear Solid под названием Metal Gear Solid: The Twin Snakes для Nintendo GameCube. Ролики для игры срежиссировал известный азиатский режиссер Рюхэй Китамура.
Затем Кодзима занялся разработкой Metal Gear Solid 3, шпионским экшеном в стиле 60-х годов. Главным героем здесь был Биг Босс (Big Boss) — генетический отец Снейка. Позднее Konami издала расширенную версию игры — Metal Gear Solid 3: Subsistence.
1 апреля 2005 команда Кодзимы получила собственную студию «Kojima Productions», котороя на данный момент выпустила шесть проектов для различных игровых платформ: Metal Gear Solid 3: Subsistence, Metal Gear Acid 2, Metal Gear Solid: Digital Graphic Novel, Metal Gear Solid: Portable Ops, Lunar Knights, Metal Gear Solid: Peace Walker и заключительную часть саги о Солиде Снейке — Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots для PlayStation 3.
На Е3 2009 была анонсирована мультиплатформенная игра — Metal Gear Solid: Rising, главным героем является Райдэн. Так же Кодзима работает над Metal Gear Solid: Snake Eater 3D для платформы Nintendo 3DS.
Игры Хидэо Кодзимы