Хоакин Феникс родился 28 октября 1974 года в Пуэрто-Рико. Его родители были членами секты «Дети Бога» и занимались миссионерской деятельностью, путешествуя по Южной Америке. В 1978 году родители вышли из секты и перебрались в Флориду, сменив фамилию на Феникс. Мать Хоакина устроилась на работу в NBC в отдел кастинга. Их дети начали сниматься в рекламе и телесериалах. Первую телевизионную роль Феникс сыграл в 1982 году, в драмеди «Семь невест для семи братьев» вместе со старшим братом Ривером Фениксом.
В 1995 году он появляется в фильме «За что стоит умереть». Партнёрами Феникса по фильму были Николь Кидман, Мэтт Диллон, Кейси Аффлек. В конце октября 2008 года Хоакин объявил о своем уходе из кинематографа, чтобы «целиком посвятить себя музыкальному поприщу». Впоследствии выяснилось, что заявление является частью псевдодокументального фильма «Я всё ещё здесь», снятого Кейси Аффлеком.
Хоакин Феникс является вегетаринцем (веганом, то есть строгим вегетарианцем). В 2003 году принял участие в создании документального фильма о вегетаринстве «Земляне», для которого Моби записал саундтрек. Хоакин Феникс говорит о фильме: «Из всех фильмов, над которым я работал, об этом говорят больше всего». «Каждый, кто видел „Землян“, рассказывает о нём ещё троим». За участие в этом фильме Хоакин Феникс был награждён премией Humanitarian Award на кинофестивале в Сан Диего.
Хоакин Феникс является членом организаций «В защиту животных» и «Люди за этичное обращение с животными».