Флорес родился в бедном пригороде Асунсьона. В детстве ему пришлось работать разносчиком газет и чистильщиком обуви чтобы помочь своей матери заработать на еду и другие необходимые вещи. В возрасте 11 лет он уже вступил в оркестр городской полиции и был студентом композитора Феликса Фердинандеса и директора Сальвадоре Дентиче. В 1922 году он сочинил свою первую песню - польку "Мануэль Гондра".
В 1925 году после нескольких экспериментальных аранжировок старой парагвайской песни Maer?pa Reikuaase он создает новый жанр, который он назвал гуарания. Его первой песней в новом жанре стала Jejui. Цель нового жанра он видел в том, чтобы выразить чувства парагвайского народа в музыке. Впоследствии Флорес так комментировал свое детище:
В 1928 Флорес встречает поэта из Гвайры Мануэля Ортиза Гуэрреро, и вскоре после этого они начали совместную работу над созданием наиболее красивых на сегодняшний день песен в жанре гуарания India, Cerro Cor? и Panamb? Ver?.
В 1932 он зачислен в армию и участвует на стороне Парагвая в Чакской войне. После войны в Парагвае начинается политическая нестабильность и Флорес уезжает в Буэнос-Айрес. Пока он жил в Аргентине, его песни распространились по всему Парагваю и жанр гуарания стал очень успешным, подтвердив оригинальность творчества Флореса. В 1944 песня India была объявлена Парагвайским правительством "национальной песней". Во время жизни в Буэнос-Айресе Флорес также работал над классической музыкой и написал двенадцать симфоний.
За свои работы и вклад в музыку и культуру Парагвая в 1949 году Флорес был награжден Национальным орденом «За заслуги». Однако он отказался от награды протестуя против убийства студента, которое произошло на демонстрации против правительства. Из-за этого правительство записало его в «предатели» и когда Альфредо Стресснер стал президентом Парагвая в 1954 году, Флоресу запретили возвращаться в Парагвай. Ему отказали в его просьбе разрешить вернуться в свою страну даже в последние годы его жизни, когда он болел и желал увидеть родину и свой народ последний раз перед смертью. Несмотря на то, что правительство запрещало его песни, их все еще играли радиостанции и люди, кто уже считали себя последователями жанра Гуарания. Флорес умер в 1972 году в Буэнос-Айресе.
В 1991, после отставки Стресснера, останки Флореса были возвращены в Парагвай, и он покоится на площади, названной его именем.
Сегодня Флореса считают одним из лучших композиторов и одним из наиболее значительных музыкальных персон Парагвая. Его работоспособность позволила ему сформировать и связать способ жизни и чувства парагвайцев с музыкой.
Наиболее известные работы Хосе Асунсьона Флореса:
Его наиболее важные симфонии: