Хосе Мария Серт родился в Барселоне в 1874 году, в семье богатых промышленников.
Он учился в колледже иезуитов, Барселонской Школе искусств и ремесел (Llotja), занимался в различных частных академиях живописи.
В 1899 переехал в Париж, где вступил в контакт с группой Наби.
Был женат дважды — на Мизии Годебской, музе символистов, и Русудане Мдивани. Он был дядей архитектором Хосе Луиса Серта. Умер в Барселоне в 1945 году, похоронен у собора в городе Вик, который украшен его фресками.