Дебютировал в январе 2001 года.
В январе 2005 года в Японии встретился с чемпионом мира во 2-м наилегчашем весе по версии WBC с японцем Кавашимой Катсушиего. По итогам 12-ти раундов двое судей дали победу японцу, а один судья отдал Наварро победу со счетом 120-109. Разразился скандал. Эксперты сочли, что Наварро обокрали судьи.
В феврале 2006 года Наваро вновь в Японии встретился с чемпионом мира во 2-м наилегчашем весе по версии WBC с японцем Токуямой Масамори. Масамори победил по очкам.
В октябре 2007 года Наварро встретился в Москве с Дмитрием Кирилловым. На кону стоял вакантный титул чемпиона мира в наилегчайшем весе по версии IBF, оставленный Луисом Альберто Пересом, который поднялся на категорию выше. В упорном поединке Кириллов победил по очкам и стал чемпионом.
В феврале 2008 года состоялся бой между Хосе Наварро и чемпионом мира во 2-м наилегчашем весе по версии WBC Кристианом Михаресом. Наварро больше бил, но Михарес чаще попадал, это и предопределило победителя. Наварро получил рассечение над правым глазом, из-за которого рефери несколько раз прерывал поединок и отводил боксера на осмотр врача. По итогам 12-ти раундом мнения судей разделись: двое сочли победителем чемпионом, а судья Даг Таккер отдал все 12 раундов претенденту. Комментаторы HBO Ларри Мерчант и Джим Лэмпли были шокированы оценками Дага Таккера. Мерчант сразу же вспомнил схожий случай в Токио с Наварро, где также один судья отдал почти все раунды претенденту, а двое других сочли победителем чемпиона. Поединок проходил в рамках шоу, организованного телеканалом HBO, главным событием которого был 2-й бой Келли Павлик - Джермен Тейлор.