Он описал приблизительно 7000 таксонов растений (почти столько же, сколько Линней).
Нес родился 14 февраля 1776 года в Schloss Reichenberg, около Райхельсхайм (Оденвальд) как Christian Gottfried Daniel Nees. Его отцом был графский служащий Johann Conrad Nees, а матерью — Katharina Friederika Dorothea Esenbeck.
Он с юности интересовался наукой и, после получения своего первого образования в Дармштадте, продолжал его в Йенском университете, получив там учёную степень по медицине в 1800 году.
Какое-то время он занимался медициной, был практикующим врачом, но его интерес к ботанике всё более возрастал, и в конечном счете он возвратился к академическим исследованиям. В 1816 году стал членом Академии Леопольдины (German Academy of Natural Scientists Leopoldina), которая в то время была одним из самых престижных учреждений в Европе.
В 1817 году был назначен профессором ботаники в Эрлангенский университет. Три года спустя он стал профессором естествознания в Боннского университета, где организовал Botanische G?rten der Friedrich-Wilhelms-Universit?t Bonn. В 1831 он был назначен на должность ботаника в университете Бреслау (ныне: University of Wroc?aw). В 1818 был избран президентом Академии Леопольдины и оставался в этой должности до конца своей жизни.
Его последним официальным актом в качестве президента немецкой Академии Леопольдины было принятие Чарльза Дарвина в качестве полноправного академика.
В 1848 году он стал проявлять большую политическую активность и участвовал в основании рабочего союза в Бреслау (Вроцлав). 23 августа он в качестве президента Берлинского рабочего конгресса (Berliner Arbeiterkongresses) был избран депутатом в Прусское национальное собрание. За ним постоянно наблюдала полиция из-за его «социально-политических» лекций, которые он читал весной 1849 года. В 1851 году из-за конфликтов с правительством был лишен профессорства и пенсии в Бреслау.
Умер семь лет спустя 16 марта 1858 года в чрезвычайной бедности.
В августе 1802 он женился на Wilhelmine Luise Katharina von Ditfurth в Sickershausen (Китцинген). Однако уже 22 сентября 1803 она умерла и с тех пор Христиан Готтфрид Даниэль сменил свою фамилию с «Nees» на «Nees von Esenbeck».
По прошествии короткого печального времени 5 марта 1804 Эзенбек сочетался браком с Elisabetha Jakobina von Mettingh. У них было 3 дочери и 2 сыновей.
Он был старшим братом ботаника Theodor Friedrich Ludwig Nees von Esenbeck (1787—1837).
В его честь названы роды растений: