Сын известного политического деятеля, дипломата и журналиста, главного редактора столичной газеты «Насьон». В 1919 году поселился в Париже, учился живописи в Академии «Гранд-Шомьер» на Монпарнасе, сблизился с сюрреалистами, взял псевдоним (от французского выражения j’en ai marre, «я сыт по горло»). В Сантьяго был дружен с поэтом Висенте Уидобро, переводил его стихи с французского, входил в литературную группу «Монпарнас», вел в газете «Насьон» колонку «Заметки об искусстве» (1923—1925), где пропагандировал европейский кубизм и футуризм.
Сочинения не публиковал до 1935 года, когда разом вышли три книги фантастической прозы «Мильтин, 1934», «Один год» и «Вчера», в 1937 году к ним прибавился авангардистский манифест и, вместе с тем, абсурдистская пародия на повести Флобера, сборник новелл «Десять». После этого Хуан Эмар ничего не печатал, хотя писать продолжал. В 1950 году в университете Сантьяго была организована выставка живописных работ Эмара.
Литературная эксцентрика Хуана Эмара была полностью проигнорирована современной ему критикой, признание пришло к писателю лишь в 1970—1980-е годы, когда он был назван крупнейшей фигурой латиномериканской словесности, «чилийским Кафкой», предшественником Хуана Рульфо и Хулио Кортасара. Тогда же началась публикация его гигантского, свыше 4-х тысяч страниц, экспериментального автопародийного романа «Порог» (первая часть — 1977, все пять частей полностью — 1996). Сам Эмар к известности никогда не стремился: «Мои прятки, — писал он, — состояли в том, чтобы ничего, совсем ничего не публиковать, и пусть меня когда-нибудь опубликуют неведомые мне люди, сидящие на ступеньках моей могилы».