Наварро — выпускник академии «Барселоны». В сезоне 1996/1997 он стал выступать за молодёжный (до 18 лет) состав команды. В 17 лет, 23 ноября 1997 года, Наварро дебютировал за основной состав в матче чемпионата Испании, провёл на площадке 10 минут и набрал 10 очков. В 1997—1999 годах он совмещал выступления в основном составе и во второй команде, выступавшей в третьем дивизионе. В сезоне 1999/2000 Наварро окончательно стал игроком первой команды, с каждым последующим сезоном его роль в клубе росла. В сезоне 2003/2004 «Барселону» возглавил Светислав Пешич, по руководством которого команда в 2004 году выиграла Евролигу, а Наварро стал одним из её лидеров.
В 2002 году Наварро был выбран на драфте НБА под 40-м номером клубом «Вашингтон Уизардс», но решил не торопиться с отъездом в Америку и продолжил выступать за «Барселону». В августе 2007 года «Уизардс» передали права на Наварро клубу «Мемфис Гриззлис» в обмен на право выбора в первом раунде будущего драфта. Генеральный менеджер «Гриззлис», Крис Уоллес, прокомментировал сделку так: «Мы рады тому, что получили права на Хуана Карлоса Наварро. Он один из лучших игроков в европейском баскетболе, обладает большим опытом, хорошо атакует из-за периметра и пасует, а также способен принести дух соперничества в команде».
В сезоне 2007/2008 Наварро наконец оказался в НБА, в «Мемфис Гриззлис», где его партнёром стал бывший одноклубник Пау Гасоль. В 2008 году Наварро принял участие в матче новичков, вошёл во вторую сборную новичков и завершил сезон с показателем 10.9 очков в среднем за игру.
Однако летом 2008 года он принял решение вернуться в Испанию и вновь стал игроком «Барселоны». В первом после возвращения в Европу сезоне Наварро был признан самым ценным игроком Евролиги и в третий раз за карьеру был включён в первую символическую сборную турнира. В следующем сезона Наварро помог «Барселоне» выиграть Евролигу и был признан самым ценным игроком финала.
В сборной Испании Хуан Карлос Наварро дебютировал 18 августа 2000 года в матче против команды Литвы. С тех пор он стал регулярно играть за сборную, выступал на Олимпийских играх в Сиднее в 2000 году, в Афинах в 2004 году и в Пекине в 2008 году. В 2006 году стал чемпионом мира, дважды, в 2009 и 2011 годах становился чемпионом Европы.