Родился в Монтевидео, столице Уругвая.
С 1969 по 1971 год был министром сельского хозяйства в правительстве Хорхе Пачеко.
В 1971 году был избран президентом от партии Колорадо. После выборов выяснилось, что он выиграл за счет значительных фальсификаций. Он пришёл к власти в 1972 году в период политического кризиса, вызванного авторитарным правлением Пачеко и террористической угрозой. На посту президента он приостановил действие гражданских свобод, запретил профсоюзы и устроил репрессии против оппозиции, а также назначил офицеров на ведущие посты в правительстве.
В 1973 году Бордаберри вступил в сговор с военными и 27 июня 1973 года распустил конгресс и приостановил действие конституции.
По официальным данным, в период правления диктатора погибли около 200 уругвайцев. Часть из этих убийств была совершена в соседней Аргентине в соответствии с планом «Кондор», направленным на разгром политических организаций левого толка.
В 1976 году военные отстранили его от управления страной.
В ноябре 2006 года был арестован по обвинению в нарушениях прав человека и организации политических убийств и помещён под домашний арест ввиду состояния его здоровья.
В феврале 2010 года был осуждён на 30 лет тюремного заключения за преступления, связанные с нарушением конституции, а также с исчезновениями людей и убийствами, совершенными во время его управления.