В молодости был членом движения Красных Кхмеров, начинал в качестве курьера, впоследствии дослужился до командира бригады. Сам он утверждал, что воевал не за Красных кхмеров, а в поддержку принца Сианука, из роялистских побуждений. В июне 1977 года бежал во Вьетнам, где был включён в состав правительства в эмиграции под руководством Хенг Самрина. Министр обороны в 1979 г., заместитель премьера и министр иностранных дел в 1981—1985 гг., премьер-министра Камбоджи и министр иностранных дел в 1985—1991 гг. Проявил за свою карьеру недюжинный талант политической интриги. В 1990-е гг. заключил коалицию с принцем Нородомом Ранаридом, который был назначен «первым премьер-министром» (Хун Сен — соответственно, «вторым премьер-министром»), однако в конце 1990-х гг. Ранарид был лишён власти и помещён под домашний арест.
Хун Сен имеет два высших образования, оба политологических, почётный член многих научных учреждений мира, в том числе РАЕН.
Женат, три сына и три дочери, одна из которых приёмная. В октябре 2007 г. Хун Сен публично объявил, что отрекается от приёмной дочери в связи с тем, что она лесбиянка, мотивировав тем, что «вообще» нормально относится к подобным явлениям, но не может потерпеть подобного в своей семье.