Идрисса Уэдраого окончил Африканский Институт Кинематографии (фр. Institut Africain d’Etudes Cin?matographiques) в Уагадугу, и в 1981 году начал работать на государственную кинематографическую компанию Direction de la Production Cin?matographique du Burkina Faso, сняв для неё несколько короткометражных фильмов. Один из них, Поко, получил приз за лучший короткометражный фильм на Фестивале кино и телевидения стран Африки в Уагадугу. Затем Уэдраого учился в Киеве, стажировался во ВГИКе, а позже — в Париже, где в 1985 году окончил Institut des Hautes Etudes Cin?matographiques.
В 1986 году Уэдраого снял свой первый полнометражный фильм Yaam Dabo («Выбор»), за который был удостоен премии ФИПРЕССИ. Его третий фильм, Tila? («Закон»), был удостоен Гран-При Каннского кинофестиваля, а также главной награды (?talon de Yenenga) Фестиваля кино и телевидения стран Африки в Уагадугу в 1991 году.
Репутация Уэдраого на Западе до сих пор определяется его наиболее известными фильмами — «Выбор», о двух детях, подружившихся с отверженной старой женщиной, и «Закон», о конфликте племенных традиций и чувств. Действие обоих происходит в африканской деревне, и критики отмечали специфические черты кинематографа Уэдраого, такие, например, как соразмерность ритма фильма деревенской жизни. Кроме того, сюжеты этих двух фильмов хорошо ложились в стереотипы Африки, сложившиеся в Европе. Сам режиссёр, однако, был недоволен таким восприятием его творчества, и ещё в 1993 году заявил о намерении отойти от принципов своих ранних фильмов, чтобы не оставать от динамичного развития Африки.
Поворотным в его творчестве стал фильм «A Karim na Sala» (1991), рассказывающий о крестьянине, волей обстоятельств попавшем в город и в конечном итоге остающемся в нём, чтобы получить образование. Хотя традиция кинематографа, рассказывающего о конфликте традиционных ценностей с экономическими обстоятельствами, давно существовала в Африке и, в частности, в Буркина Фасо, Уэдраого отличается от большинства своих коллег тем, что он никогда не поднимает политические вопросы и избегает показывать исторические события.
Фильм «Крик сердца» (1994) рассказывает об африканском юноше, оказавшемся во Франции и вынужденном выстраивать новую идентичность как представителя диаспоры. Также два других фильма, «Самба Траоре» (1993) и снятый в Зимбабве на английском языке «Кини и Адамс» рассказывают о столкновении города и деревни.
В фильме «Гнев Богов», посвящённом африканской династии, Уэдраого впервые снял историческую драму, начав новый период творчества.