Маккеллен родился в семье инженера. Перед началом войны вместе с семьёй переезжает в шахтёрский город Виген на юге Ланкашира. Учился в школе Болтон, где участвовал в любительских школьных театральных постановках, затем в Кембридже, где также записался в студенческий театр.
По окончании колледжа Маккеллен выбрал профессию актёра и стал играть в театре Белгрэйд. Спустя три года актёр переехал в Лондон. В течение шестидесятых и семидесятых сыграл практически во всех пьесах шекспировского репертуара. В 1988 году впервые публично заявил о своей гомосексуальности во время интервью радиостанции Би-Би-Си. В 1990 году стал одним из первых открытых геев, удостоенных рыцарского достоинства. Является активистом британского движения за права сексуальных и гендерных меньшинств. Сэр Иэн поддержал Московский гей-парад и петербургский ЛГБТ-кинофестиваль «Бок о Бок».
Маккеллен родился в Бернли, графства Ланкашир, Великобритания, хотя он провёл большую часть своей молодости в Уигане. Вторая мировая война, начавшаяся вскоре после его рождения, оказала на него большое влияние. В ответ на вопрос в интервью, когда репортёр отметил, что он кажется весьма спокойным после 11 сентября, он сказал: «Ну, дорогой, Вы забываете — я спал под стальной плитой, когда мне не было и четырёх лет» (имеется в виду металлический столик, под которым спал Маккеллен в период немецких бомбёжек севера Великобритании).
Отец Маккеллена, Денис Мюррей Маккеллен, инженер-строитель, был непосвящённым проповедником, и оба из его дедушек тоже были проповедниками. Во время рождения Иэна у его родителей уже была пятилетняя дочь, Жан. Его домашняя обстановка была решительно христианской, но не ортодоксальной.
Маккеллен посещал Bolton School (для мальчиков), и до сих пор поддерживает её, регулярно общаясь с учениками. Актёрская карьера Маккеллена началась в Bolton Little Theatre, покровителем которой он сейчас является. Раннее увлечение театром было, было следствием посещения спектакля «Питер Пэн» с родителями в Manchester Opera House, когда ему было три года.
Он выиграл стипендию в St Catharine's College, Cambridge, когда ему было 18, где он создал выступление для Дерека Джейкоби. Он и его первый серьёзный партнёр, Брайан Тейлор, учитель истории из Болтона, начали свои отношения в 1964 году. Эти отношения продолжались в течение восьми лет и закончились в 1972 году. Они жили в Лондоне, где Маккеллен продолжал свою карьеру в качестве актёра. Уже более десяти лет он жил в 5-этажном викторианском доме в Нарроу-стрит, Лаймхаус. В 1978 году он познакомился со своим вторым партнёром, Шоном Матиасом, на Эдинбургском фестивале. По словам Матиаса, десятилетний роман был бурным, с конфликтами из-за успеха Маккеллена в сравнении с несколько менее успешным Матиасом.