Родился в Венгрии. В 1773 вступил в орден капуцинов. В 1779 возведен в сан священника. Занимался изучением классики, языков, католической философии и казуистики. В 1784 обратился с письмом к императору Иосифу II с планом переустройства монастырей. Из-за этого критического письма нажил себе много врагов и вышел из ордена. В 1784 принял кафедру восточных языков и ветхозаветной герменевтики во Львовском университете. Написал учебные пособия «Anthologia hebraica» (1787) и «Institutiones linguarum orientalium» (1787).
В 1788 году написал антикатолическую трагедию «Сидней». Был привлечен к суду и бежал в Бреслау, где принял лютеранство и женился. Работал учителем детей местного князя. Написал романы «Marc-Aurel» (1790—1792), «Aristides und Themistocles» (1792), «Mathjas Corvinus, Konig der Hungarn» (1793—1794), «Attilla, Konig der Hunnen» (1794).
В 1796 переехал в Берлин. Вступил в масонскую ложу «Пифагор к пламенеющей звезде». Написал историю масонского ордена, ходившую по рукам в рукописи, но не напечатанную, а также «Собрание писем о масонстве» (1804).
Получил должность в недавно приобретенных польских землях Пруссии, но после сражения при Иене Пруссия потеряла эти земли, а Фесслер свою должность.
В 1809 был приглашен Сперанским в Россию, где получил кафедру восточных языков и философии в Санкт-петербургской духовной академии. Служил также в комиссии составления законов. Занимая важное место в масонской иерархии участвовал в обсуждении различных проектов по реорганизации русского масонства. В 1811 обвинен в атеизме, лишен кафедры в духовной академии и послан в Вольск. В 1813 он переселился в Саратов, где закончил обширную «Историю угров» (1812—1825, новое издание 1867). В 1820 назначен евангелическим суперинтендантом и начальником консистории в Саратове, а в 1833 — генерал-суперинтендантом и церковным советником евангелическо-лютеранской общины в Петербурге.