В 1976 году окончил вечернее отделение философского факультета МГУ.
1968—1970 — работал киномехаником, геологом.
1970—1979 — слесарь, а затем бригадир слесарей московского метрополитена.
1979—1988 гг. — инструктор, а затем заведующий отделом пропаганды и агитации Дзержинского райкома КПСС, Москва.
1988—1990 — преподаватель философии в Высшей московской партийной школе.
Одновременно являлся редактором в отделе социологи и изучения общественного мнения журнала ЦК КПСС «Диалог».
С осени 1990 — один из соучредителей российской социологической службы «Мониторинг» и редакции газеты «Господин народ».
В 1993 г. — директор Российской социологической службы «Мониторинг». В 1991 г. был членом Организационного комитета по созданию Республиканской партии Российской Федерации, делегатом Учредительного съезда РПРФ, на котором был избран в Рабочую коллегию и Координационный Совет партии. 1992—1994 гг. — Сопредседатель РПРФ, член Политсовета партии. 1993—1995 гг. — депутат Государственной Думы (блок «ЯБЛоко»), член Комитета Госдумы по информационной политике и связи.
C 1995 г. — Главный редактор журнала «Рубежи».
В 1997 г. — член экспертного совета Комитета Государственной Думы по информационной политике и связи.
В мае 1998 года на VI съезде Союза журналистов России избран Генеральным Секретарем Союза журналистов России.
В 2008 году, на очередном съезде, после упразднения должности Генерального секретаря, избран секретарём Союза журналистов России.
12 февраля 2009 года — Генеральный секретарь Союза журналистов России (СЖР).
Игорь Яковенко досрочно смещен со своего поста решением Федеративного совета СЖР. Яковенко обвиняется в невыполнении решения о создании Центра развития средств массовой информации, использовании ресурсов Союза журналистов в пользу частных фирм. Вот что по этому поводу сказал сам Яковенко:
Был вынужден покинуть страну, в настоящее время проживает в Праге, сотрудничает с радио «Свобода».
2 октября 2011 года в рамках гражданского форума «Последняя осень» представил проект общественного телевидения. Затем в своем блоге открыл сбор подписей под Хартией общественного телевидения