Илья Фомич Якубов родился 6 июля 1919 года в деревне Новоселье Смоленской губернии. Учился в Смоленском техникуме связи. Окончил аэроклуб Смоленска, был в нем летчиком-инструктором. В армию призван в декабре 1939 года. В 1940 году окончил Одесское ВАУ и в феврале 1942 года получил назначение в 653 ИАП на Калининском фронте, имел звание лейтенанта.
За первый год пребывания на фронте выполнил 68 боевых вылетов и сбил 10 самолётов противника в 23-х боях. В марте 1943 года полк получил наименование 64 ГИАП, и вскоре счёт побед Якубова возрос до 13. Затем он был отозван с фронта и до конца войны работал лётчиком-испытателем. За годы Великой Отечественной войны Илья Фомич Якубов воевал на Закавказском, Калининском, Северо-Западном, Брянском, 2-м и 1-м Прибалтийских, 3-м Белорусском фронтах. Всего совершил более 200 боевых вылетов на истребителях Як-1 и Як-3, провёл более 30 воздушных боёв, в которых лично сбил 15 самолётов противника.
За мужество и героизм, проявленные в боях, лейтенанту Якубову Илье Фомичу Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1943 года присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 817).
В 1945—1947 — лётчик-испытатель НИИ-1; участвовал в испытаниях нескольких авиационных двигателей. С марта 1947 года — лётчик-испытатель Лётно-исследовательского института (Жуковский Московской области). Участвовал в испытаниях ракетного самолёта «4302» в планерном варианте, провёл ряд испытательных работ на самолётах Пе-2, Ту-2, Як-9 и Ил-10.
Погиб 18 сентября 1947 года при испытаниях опытного реактивного двигателя на летающей лаборатории Ту-2ЛЛ. Похоронен на Введенском кладбище в Москве