Родился 16 октября 1968 года в Москве, в 1969 году после смерти отца, архитектора Игоря Витальевича Лагутенко (умер после неудачной операции по удалению аппендикса, когда Илье было шесть месяцев), семья переехала в родной город матери Елены Борисовны Кибиткиной (художник-модельер) — Владивосток.
Илья успешно учился в средней школе № 9 с углублённым изучением китайского языка. Пел в детском хоре, с которым объездил полстраны. Первую музыкальную группу — «Бони Пи» — Илья основал в детстве.
Илья закончил Дальневосточный государственный университет, восточный факультет по специальности «Страноведение» (востоковедение и африканистика).
В 1983 году организовал рок-группу «Муми Тролль», впоследствии переименованную в «Мумий Тролль». Служил в рядах Краснознаменного Тихоокеанского флота. Стажировался и работал в КНР и Великобритании в качестве консультанта коммерческих фирм.
Группа «Мумий Тролль» возобновила свою деятельность в конце 1990-х. 2 апреля 1997 года вышел альбом «Морская».
Илья Лагутенко пробует себя в кинематографе — как музыкант («Похитители книг», «Незнайка и Баррабас») и как актёр («Ночной дозор»). Он задаёт тон во внешнем виде, его стиль не раз был отмечен глянцевыми журналами Glamour и GQ. Илья — желанный гость светских мероприятий, сам он посещает их особенно охотно, если они посвящены благотворительности. «Мумий Тролль» был первым в России, поддержавшим организацию PSI по борьбе со СПИДом. Илья Лагутенко — представитель России в Международной коалиции по защите тигров (International Tiger Coalition).
Чтобы «обеспечить будущее российской музыки» и просто собрать вокруг «Мумий Тролля» ещё больше талантов, Илья Лагутенко стал инициатором создания первой в России социальной сети для творческих людей ikra.tv.
В часы досуга Илья пишет книги. В 2009 году музыкант работает над «Книгой странствий» из четырёх томов, посвящённой путешествиям «Мумий Тролля». Илья создал новый проект под названием «Кета» с известным электронщиком Андреем Антонецом.
23 февраля 2011 года состоялось подписание соглашения о намерениях сотрудничества между ректором Дальневосточного федерального университета Владимиром Миклушевским и Ильей Лагутенко. Сотрудничество будет заключаться прежде всего в поддержке федеральным университетом концертов группы «Мумий Тролль». Кроме того, Илья Лагутенко выступит в качестве визит-спикера с лекциями, которые будут посвящены шоу-бизнесу, восточным языкам, путешествиям, природоохране и антикризисному менеджменту.
Член Попечительского совета фонда «Батани».
Колумнист программы «Инфомания» на СТС.
См. дискографию группы Мумий Тролль.