С 1566 года правитель Магдебурга. Став в 1598 году курфюрстом, он в 1599 году вопреки отцовскому завещанию, требовавшему дележа бранденбургских владений, провёл семейный договор, установивший их нераздельность. Внутри государства Иоахим тщетно боролся с притязаниями сословий, привилегии которых в 1602 году ему пришлось подтвердить.
Второй женой Иоахима Фридриха стала Элеонора Прусская (1583—1607), дочь герцога Пруссии Альбрехта Фридриха. Из-за душевной болезни герцога Иоахим Фридрих в 1603 году стал регентом Пруссии и опекуном герцога, а позднее получил от Польши согласие на наследование власти в Пруссии. Курфюрст сделал взнос в польскую казну и предоставил значительные поблажки прусским католикам. Однако ему было запрещено посещать Пруссию без разрешения польского короля, поэтому в Пруссии он не был.
В 1608 году он скончался от апоплексического удара в поездке из Шторкова в Берлин. Его наследником стал сын Иоанн Сигизмунд.
Первая жена — Екатерина Кюстринская (1549—1602). В этом браке родились 11 детей:
Вторая жена — Элеонора Прусская (1583—1607). В этом браке родилась
С 28 мая 2006 памятник курфюрсту можно видеть на Иоахимспляц в Иоахимстале.