Память в Православной церкви совершается 4 декабря (по юлианскому календарю), в Католической церкви 27 марта.
Его отец Серджун ибн Мансур служил при дворе халифа Абд ал-Малика ибн Марвана в Дамаске в звании «великого логофета», то есть откупщика. Впоследствии его сменил сам Иоанн. Этнически Иоанн принадлежал, вероятно, к эллинизированным арабам. По преданию он учился вместе с братом Косьмой (впоследствии епископ Маюмский) у некоего пленного инока из Калабрии (тоже по имени Косьма). Около 736 года принял пострижение в монастыре святого Саввы близ Иерусалима и вероятно был рукоположен во священника.
В период иконоборчества выступал в защиту почитания икон, автор «Трёх защитительных слов в поддержку иконопочитания», в которых иконоборчество понимается как христологическая ересь, а также впервые различается «поклонение», подобающее только Богу, и «почитание», оказываемое тварным вещам, в том числе и иконам. Иконоборческий собор 754 года четырежды подверг анафеме Иоанна, но VII Вселенский собор подтвердил верность его учения.
Скончался около 753 года (по другим данным около 780 года) и был погребён в лавре Саввы Освященного возле раки с мощами преподобного Саввы. В правление императора Андроника II Палеолога (1282—1328 гг.) его мощи были перенесены в Константинополь. В настоящее время известно о нахождении мощей святого Иоанна в лавре Саввы Освященного, монастыре Георгия Аламана (близ с. Пендакомо, Кипр), монастыре Иоанна Богослова на Патмосе (Греция) и в церкви Сан-Джорджо деи Гречи (Венеция).
Уже в конце VIII века Иоанн Иерусалимлянин составил его первое жизнеописание. В XI веке, когда Антиохия была завоевана сельджуками, монах монастыря св. Симеона, в окрестностях Антиохии, Михаил, знакомый с греческим и арабским языками, написал по-арабски житие Иоанна Дамаскина, на основании различных полезных историй, о чем он сам говорит во введении.
По преданию, с именем Иоанна связывают возникновение одного из образов Богородицы. Когда в Византии возникла ересь иконоборчества, поддерживаемая императором Львом III Исавром, Иоанн написал три трактата в защиту иконопочитания и направил их императору. Лев Исавр пришёл в ярость, но ничего не мог сделать, так как Иоанн не был подданным его империи. Чтобы помешать Иоанну писать труды в защиту икон, император прибег к клевете. От имени Иоанна было составлено подложное письмо, в котором дамасский министр будто бы предлагал императору свою помощь в завоевании сирийской столицы. Это письмо и ответ на него императора были направлены халифу. Иоанн был отстранен от должности и наказан отсечением кисти правой руки, которая была повешена на городской площади. Спустя некоторое время Иоанн получил отсеченную руку обратно и, затворившись у себя, приложил кисть к руке и стал молиться перед иконой Богородицы. Через некоторое время он заснул, а проснувшись обнаружил, что рука чудесным образом приросла. В благодарность за исцеление Иоанн приложил к иконе сделанную из серебра руку, которая воспроизводится на многих списках иконы, получившей именование «Троеручица». Также в благодарность об исцелении им было написано песнопение «О Тебе радуется…».
Иоанн Дамаскин известен как крупнейший систематизатор христианского вероучения; ему принадлежит фундаментальный труд «», включающий в себя философский («Диалектика»), обличительный («О ересях») и догматический («Точное изложение православной веры») разделы. Кроме того, Иоанну принадлежит ряд проповедей о Богородице.
Иоанном был написан ряд канонов, особых песнопений палестинского типа, с IX в., вошедших в употребление восточной Церкви. Им были написаны Канон Пасхе, Рождеству и ряду других христианских праздников. Кроме того, считается, что Иоанн составил «Октоих» (Осмогласник, Октай).
В некоторых изданиях с Иоанном Дамаскиным отождествляется «инок Иоанн», автор греческой версии знаменитой христианской переработки «Жития Будды», т.н. «Повести о Варлааме и Иоасафе». Наука отвергает это отождествление.
Кантата для хора и оркестра «Иоанн Дамаскин», написанная русским композитором Сергеем Ивановичем Танеевым на слова A. К. Толстого (op. 1) в 1884 году.