После заточения отца Иоанн находился сначала под опекой курфюрста Августа Саксонского, на дочери которого, Анне, он женился. За неверность он держал её в тюрьме до 1613. Способствовал улучшению церквей и школ, покровительствовал наукам и искусствам, построил много полезных зданий. В Тридцатилетнюю войну сначала придерживался нейтралитета, потом примкнул к Густаву-Адольфу. Умер бездетным и его земли перешли к младшему брату, Иоанну-Эрнсту III (1566—1638), а после смерти последнего — к Альтенбургу и Веймару.