Иоанникий родом из Волыни. В 1640-х годах учился в Киево-Могилянской коллегии, был учеником Лазаря Барановича.
С 1650 года служил монахом в Купятицком монастыре (возле Пинска). Вернувшись в Киев преподавал курс риторики в Киево-Могилянском коллегиуме. В 1658—1668 гг. был ректором Киево-Могилянской академии, игумен Киево-Братского монастыря. С 1668 г. — игумен, а в период 1669—1688 гг. архимандрит Елецкого монастыря в Чернигове.
В 1664 года под давлением Галятовский выезжает из Киева, на запад во Львов, затем Луцк, Слуцк и Минск. В 1668 году вернулся в Киев.
Умер 2 (12) января 1688 г. в Чернигове.