Фишарт учился в латинской школе в Вормсе у своего дяди Каспара Шейдта, а затем в Тюбингенском университете. В 1556 году он отправился в путешествие по Фландрии и побывал в Париже. В 1570 году Фишарт вновь пребывал на положении вольного литератора в Страсбурге, где его сочинения публиковал местный издатель и его шурин Бернхард Йобин. В Базеле Фишарт получил степень доктора права. В 1581—1583 годах работал адвокатом в Имперском камеральном суде в Шпейере. В 1583 году получил должность судьи в Форбахе.
Фишарт, исповедовавший первоначально лютеранство, а затем перешедший в кальвинизм, в своём творчестве бичевал упадок нравов общества, произвол властей, религиозный фанатизм, папство и иезуитов. Сочинения Фишарта считаются образцами литературы гробианизма. Фишарт широко использовал гиперболу, гротеск, причудливые и комические словообразования, нагромождения синонимов и другие языковые средства. Иоганн Фишарт не раз обращался к свободной обработке известных произведений, например, написал стихотворный резкий по своей сатире вариант «Тиля Уленшпигеля». Однако самым известным произведением Фишарта является вольная обработка первой книги комического романа Рабле «Гаргантюа и Пантагрюэль» под названием «Die Affentheurlich naupengeheurliche Geschichtklitterung von Thaten und Rahten», которая благодаря неистощимой словесной игре Фишарта втрое больше оригинала Рабле.